В 1798 году, когда Наполеон I во время экспедиции в Египет захватил Мальту, рыцари ордена обратились к российскому императору Павлу I с просьбой принять на себя сан Великого магистра ордена Св. Иоанна Иерусалимского, на что последний согласился.
29 ноября (10 декабря) 1798 года Павел I издал высочайший Манифест об установлении в пользу российского дворянства ордена Св. Иоанна Иерусалимского и Правила для принятия дворянства Российской империи в сей орден.
В годы правления Павла I орден Св. Иоанна Иерусалимского стал, по существу, высшим знаком отличия, жалуемым за гражданские и военные заслуги. Пожалование же командорства превосходило по своему значению даже награждение орденом Св. Андрея Первозванного, так как этим выражалось личное благорасположение государя. В день своей коронации 5 апреля 1797 года Павел I объединил существующие в России орденские корпорации в единый Российский кавалерский орден, или Кавалерское общество Российской империи. Однако в него не вошли кавалеры орденов, учреждённых императрицей Екатериной II — Св. Георгия и Св. Владимира.
Преемник Павла I на российском престоле Александр I убрал из Государственного герба Мальтийский крест, сложил с себя полномочия Великого магистра, в 1810 году последовал Указ о прекращении награждения знаками Мальтийского Ордена. Судя по высочайше утверждённому положению Комитета министров от 20 января 1817 года, согласно которому после смерти родовых командоров наследники их не имеют права на это звание и не носят Знаков Ордена св. Иоанна Иерусалимского, российская ветвь Ордена прекратила своё существование.
