E.Ф. Каль (1861-1891) пожертвовал в РАО коллекцию восточных монет, которую он собрал в Средней Азии. Она состояла из 2 золотых, 191 серебряных и 186 медных монет [36].
Другой известный русский дипломат Иван Степанович Ястребов (1839-1894), который был российским консулом в Призрене (Косово и Митохия), глубоко интересовался бытом тех народностей, среди которых жил. В этом ему помогало знание турецкого, греческого, сербского и болгарского языков. Итогом изучения и исследования славянской этнографии и литературы стал его капитальный труд «Обычаи и песни турецких сербов в Призрене, Ипеке, Мораве и Дабре» (СПб,. 1886, дополненное издание вышло в 1889). В 1880 г. И.С. Ястребов прислал в РАО сербские и болгарские монеты.
У смоленского губернатора в разные годы было куплено три клада старинных русских серебряных монет: в 1873 г. за 100 руб. приобретен клад, включавший 1753 монеты, которые были найдены в д. Галашиной Ельнинского уезда; в 1875 г. поступило 240 монет, обнаруженных в с. Рахове Краснинского уезда, и 1150 монет, найденных в д. Вахрамчевой Вяземского уезда [97]. Но однажды РАО не смогло уплатить смоленскому губернатору названную им сумму, и он перестал предлагать Обществу клады.
В 1891 г. Д.И. Прозоровский в связи с болезнью оставил пост хранителя Музея. Его сменил Владимир Георгиевич Бок (1850-1899), который в Эрмитаже был хранителем отделения средних веков и эпохи Возрождения, крупным специалистом по археологии христианского Египта. Но Бок не был нумизматом. Он не раз предлагал Обществу взять специалиста для работы с монетами и медалями. Однако у Музея древностей не было своего постоянного помещения. Оплата аренды ранее занимаемого Обществом помещения в Румянцевском музее оказалась дорогой, и РАО вынуждено было от него отказаться. Через своего председателя Вел. кн. Константина Николаевича оно обратилось к Императору о выделении нового помещения для заседаний и хранения коллекций. Вскоре РАО были предоставлены комнаты на верхнем этаже дома, который принадлежал 2-му отделению Собственной Его Императорского Величества Канцелярии В этом доме Общество находилось до 1886 г., - из-за тяжести коллекций и библиотеки в доме прогнулись балки потолка, который мог любой момент рухнуть. Помощник председателя РАО A.Ф. Бычков обратился к министру народного просвещения о предоставлении Обществу другого помещения. Их переписка затянулась на долгие годы. Музей древностей вынужден был переезжать из одного места в другое. Его коллекции были упакованы в ящики, новые поступления оставались в пакетах и связках. Некоторые члены РАО хранили часть археологического материала у себя дома (гр. А.А. Бобринский).
К этому времени нумизматические каталоги РАО, изданные в 1860-е гг., устарели, т.к. не включали новый материал. В 1892 г. Ревизионная комиссия, проверив Музей, указала на то, что инвентаризация памятников давно не проводилась, и признала состояние Музея и его Минцкабинета неудовлетворительным Из-за отсутствия постоянного помещения для хранения Комиссия предложила передать памятники, обнаруженные при раскопках в ИАК, а нумизматический материал в другие учреждения, например, в Эрмитаж или Исторический музей. Но Совет Общества отверг последнее предложение, т.к. большая часть монет и медалей была РАО пожертвована.
B 1892 г. председателем РАО стал Вел. кн. Константин Константинович (1858-1915). В 1894 г. Обществу была вы квартира в отдельном доме, принадлежавшем Государственной канцелярии Государственного Совета. Часть помещений предназначалась для проведения заседаний, а другая часть хранения музейных коллекций, библиотеки, архива и изданий РАО.
После кончины В.Г. Бока в 1899 г. Музеем древностей временно заведовал член РАО, преподаватель Санкт-Петербургского университета, антиковед Сергей Александрович Жебелев (1867-1941). В 1900 г. на эту должность был избран известный египтолог, профессор Борис Александрович Тураев (1868-1920), которые приступил к инвентаризации и описанию материала [38], кроме монет и медалей.
В 1904 г. при Обществе создается специальное Нумизматическое отделение (НО). Его управляющим становится Вел. кн. Георгий Михайлович (1863-1919). Многие члены НО служили в Эрмитаже и сочетали свою практическую работу в музее с научной деятельностью в РАО: А.К. Марков, А.А. Ильин, С.А. Гамалов-Чураев, Н.П. Бауэр, А.А. Сиверс, А.Н. Зограф, Р.Р. Фасмер и др. [39].
На одном из заседаний Нумизматического отделения в 1905 г. специалист по русской и византийской нумизматике, владелец богатейшей коллекции монет и медалей гр. Иван Иванович Толстой (1858-1916) поставил вопрос о приведении в порядок нумизматического собрания Общества [40]. В связи с этим была создана комиссия, в которую вошли: А.А. Ильин - специалист по русской нумизматике, Е.М. Придик - по классической и А.К. Марков по восточной. Алексей Константинович Марков (1858-1920) вел описание восточной части коллекции Общества с 1890-х гг. Константин Адольфович Иелита фон Вольский (1850 - после 1917) приступил к работе с русскими монетами.
В помещении, которое занимало РАО, вскоре начался ремонт, и памятники вновь стали недоступны для обработки и изучения. Новые поступления продолжали поступать в коллекцию, но работа по их учету не проводилась.
В 1907 г. на заседании общего собрания РАО Б. А. Тураев предложил избрать нового хранителя Музея, специалиста, который смог бы привести Музей в порядок и издать систематическое описание его предметов и коллекций. Новым хранителем был избран Александр Андреевич Спицын (1858-1931), который занимался первобытной археологией [41].
A.А. Спицын активно включился в работу по переустройству Музея в целом. При содействии государственного секретаря бар. Икскуль фон Гильденбрандта старая квартира РАО вскоре была отремонтирована за счет Государственной канцелярии. Музей получил три комнаты, одна из которых предназначалась для хранения нумизматического материала. Для размещения памятников А.А. Спицын заказал специальные шкафы. Он приступил к систематизации музейного собрания. Все древности были разделены на группы по культурам, народностям, областям. В 1908 г. А.А. Спицын составил краткий каталог Музея, который состоял из 18 разделов. Всего по каталогу числилось 114 коллекций. Постепенно Музей стал доступен для посетителей, среди которых были не только члены Общества, но и сторонние исследователи и студенты.
K.А. Иелита фон Вольский продолжил работу с нумизматической коллекцией. Он привел в порядок материал императорского периода, который заинвентаризировал и разложил в витринах. Те памятники, которые не вошли ранее в каталог Д.И. Прозоровского (со времени правления Александра I), - были пересняты и включены в отдельный список. В 1911 г. Нумизматическое отделение на своем заседании отметило большую работу, проведенную К.А. Иелитой фон Вольским, но выразило сожаление, что не предупредило его при систематизации материала не нарушать целостность коллекций дарителей [42]. В этом же году одним из женских монастырей было пожертвовано РАО около 3000 монет, которые составляли клады или отдельные группы древнегреческих монет [43].